Les collections botaniques du MOBE sont issues de collectes des botanistes et conservateurs du Muséum, mais aussi de dons et d’achats. Ces collections rassemblent surtout des herbiers de plantes de la région Centre-Val de Loire, collectées au 19ème siècle : principalement des plantes à fleurs, mais aussi fougères, mousses, algues, lichens, champignons. Quelques fruits secs, graines, échantillons de bois et pommes et poires locaux moulés complètent ces collections.
Les collections botaniques sont utilisées dans de nombreux domaines : étude de la flore, anatomie des plantes, taxinomie, biogéographie ou encore ethnobotanique. Elles couvrent deux siècles de l’évolution des populations végétales dans notre région et à ce titre constituent de véritables archives environnementales. Récemment, des échantillons de sol conservés dans les racines de plantes d’herbier du MOBE ont été prélevés afin d’étudier l’ADN environnemental des lieux de collecte du 19ème siècle.